3POZ / 配体 03P：一次真实短分子动力学与轨迹分析

module-07 报告 · TeachOpenCADD T020 案例

0. 摘要

用输入的 3POZ / 配体 03P（上游由 T019 准备）体系，在本机 CPU 上实跑了一段 真实分子动力学，然后把新轨迹与输入包自带的上游轨迹用完全相同的口径重新分析、对照，出 A–F 六组图。

新跑：18 ps 正式采样 = 9,000 步 × 2 fs，36 帧（每 0.5 ps）。另有一段独立的 5 ps + 3 ps 平衡，不计入这 18 ps。
上游：10–1000 ps，100 帧（每 10 ps） —— 本报告只重分析，没有重跑。
MD 总墙钟 ≈33.6 分钟（started_utc → finished_utc，= 2,014 s）；其中所列计算阶段合计 ≈33.3 分钟（= 2,000 s：最小化 19 s + 限制平衡 370 s + 自由平衡 233 s + 生产 1,378 s），正式采样 ≈23 分钟；CPU 12 线程，≈1.13 ns/day。（两者口径不同：一个是"进程启动至结束"，一个是"各阶段计时之和"，相差约 14 s 为导入与读写。）
结论：在这两段很短的窗口里，蛋白折叠保持紧凑（Rg 2.03 nm，无膨胀）、 配体在保存快照内未见明显脱离（净质心位移峰值 0.77 Å）；但这既不证明亲和力，也不证明收敛，理由见 §6。

⚠️ 一句话边界："跑完了、看着稳" ≠ "结合"、"有效"或"收敛"。本报告只交付可核验的坐标与计数，以及它们能和不能支持的说法。

1. 做了什么（以及为什么起点不是晶体结构）

输入包提供的是已经准备好的溶剂化体系坐标（topology.pdb：蛋白 + 03P + TIP3P 水 + Na⁺/Cl⁻），不是原始晶体文件。这带来两个必须交代的事实：

上游坐标被复用为起点 —— 新模拟从上游客观给定的同一套准备坐标出发，而不是从 3POZ 重新做一遍 PDBFixer 加水加离子。
上游的 System XML 没有随包提供 —— PDB 只存坐标、不存力场。所以必须重新建立 OpenMM System，也就是重新生成配体力场参数。

因此：力场"名字"一致，参数集并不逐比特一致。 这条差异是本报告最关键的诚实声明，它决定了后面所有跨轨迹比较的措辞（见 §5、§6）。

2. 关键选择（写给初学者）

2.1 配体的化学态必须先"认下来"，不能靠坐标猜

PDB 坐标不包含键级和质子化状态。一个只有坐标的小分子无法直接参数化。本目录的做法是分两步、并留下证据：

参数化所用的化学态 = 对已带全部氢的准备坐标做 RDKit 键感知，得到 C26H25ClF3N5O3、净电荷 0。这是唯一的键级来源，明确标注。
独立核验 = 用 RCSB 化学组分字典（CCD）条目 03P 比对：

核验项	结果
组分名 / 别名	N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide / TAK-285
分子式	CCD `C26 H25 Cl F3 N5 O3` ↔ 感知 `C26H25ClF3N5O3` ✅
InChIKey	`ZYQXEVJIFYIBHZ-UHFFFAOYSA-N` 完全一致 ✅
原子映射	63/63（按连接性图同构，非按原子名）✅
元素 / 形式电荷	63/63 / 63/63 ✅
键级分歧	0 处真实分歧（66 键中 54 精确一致、12 为同一芳环的 Kekulé 等价写法）✅
立体中心	无（与 UHFFFAOYSA 无立体层一致）

注意一个容易踩的坑：准备坐标里原子名被重新编号了（N1…N5 / C1…C26 / F1…F3…），与 CCD 和晶体副本的原始命名（N/N1/N2/…、C/C1/…、F/F1/F2、CL）不同。所以映射必须用图同构，用原子名匹配会得到 47/63 的假失败。

结论：配体身份与键级已被独立证据确证，不是"我说它是"。

2.2 力场与积分：贴着原教程，但把"改动"写出来

项目	原章节（T019）	本次运行	关系
力场	amber14-all + amber14/tip3pfb	同	一致
配体力场	GAFF 2.2.20 + AM1-BCC	同	一致（参数重新生成）
非键	PME，1.0 nm	同	一致
积分器	Langevin，300 K，摩擦 1/ps	同	一致
步长	2 fs	同	一致（标准氢质量，未用 HMR）
恒压	无 → NVT	无 → NVT	一致
溶质 X–H 约束	未显式设置	HBonds	改动，已披露
平台	（原文为 GPU/Colab）	CPU 12 线程	本机无 GPU

两点需要解释清楚：

HBonds 是我加的，用来稳住 2 fs 步长。它约束的是溶质中共价键上的氢，不是分子间氢键限制。这一点常被误读。
"原章节没设约束" ≠ "水是柔性的"。水由 TIP3P 模型本身刚性化，这是引擎默认行为；"没设溶质约束"只说明溶质 X–H 键原本是自由的。
NVT 而非 NPT：原章节 createSystem(..., nonbondedMethod=PME) 未加气压耦合，本次保持一致，没有擅自加 NPT 气压计。盒子边长全程 8.489 nm 恒定。

2.3 为什么可以用 CPU

本机无 GPU。技能要求：CPU 做小规模烟雾/短模拟是合法的，但绝不能把 CPU 回退伪装成 GPU 生产运行。因此本报告在 A1、B 组图和执行记录里 显式标注 CPU 12 线程与实测 ns/day，并给出实测时间预算：

线程数	ns/day
4	1.25
8	1.47
12	1.56（实测最好）
16	1.48

这是按证据选的线程数，不是靠假设"线程越多越快"。

2.4 一个真实踩坑：AM1-BCC 首次尝试被中断与单线程重试（完整记录）

AM1-BCC 由 AmberTools 的 sqm 做半经验 QM，是本流程最贵的一步。

第 1 次尝试（默认线程）：≈110 次 SCF/优化迭代、约 17 分钟未收敛。这一次是编辑确认进程 PID 后主动发送 SIGTERM 中断的，不是已被证实的命令超时 —— 没有发生任何经证实的超时杀进程， 17 分钟只是"被停掉时已经跑了多久"。sqm 报 Fatal Error! Cannot properly run ".../sqm"，因为它这个子进程被中断。 这次尝试记为失败：system.xml 从未写出，管线末尾的退出码 0 不构成成功证据。（../logs/charge.log 里保存的是第 2 次成功尝试的输出；第 1 次在前台运行、被中断时尚未落盘，故此段依据运行记录而非该日志描述。）
第 2 次（限制为单线程）：199.9 s 收敛。改的只是线程数（性能）， 分子、电荷方法（am1bcc）、收敛判据、化学全都没动。

细节见 ../outputs/new_md/charge_assignment_history.md。电荷结果已缓存到 ../inputs/ligand_03p_charges.json（键 = SDF sha256 + 方法 + SMILES），所以后续任何无关的小错误都不必重跑 QM。

3. 执行记录（全部来自引擎自身）

项目	数值
体系	58,047 原子 · 317 蛋白残基（701–1017）· 17,587 水 · 55 Na⁺ · 48 Cl⁻ · 1 × 03P
盒子	8.489 nm 立方，NVT 全程不变
约束数	55,360（HBonds）
自由度	受约束 118,778（=3N−3−约束数）；朴素 3N = 174,141
最小化	投影 +188.9 / 最小化 −26.5 kJ/mol；原子最大位移 0.0033 / 0.0042 nm
平衡	限制性 NVT 5 ps（2,584 个重原子受限，T = 297.8 K）+ 自由 NVT 3 ps（302.7 K）
正式采样	9,000 步 × 2 fs = 18.00 ps，36 帧，每 0.5 ps 一帧
温度（正式采样）	均值 299.93 K，SD 1.29 K（n = 36 帧，ddof = 1，与 `../tables/summary.json` 的 `temperature_sd_K` = 1.2935 一致）
势能（正式采样）	均值 −932,160 kJ/mol，SD 988（0.11%）；全程未出现能量发散（有限值）。此 SD 仅为描述量，不作为平衡的充分证据
墙钟	总墙钟 ≈33.6 分钟（`started_utc`→`finished_utc` = 2,014 s）；所列计算阶段合计 ≈33.3 分钟（2,000 s）= 最小化 19 s + 限制平衡 370 s + 自由平衡 233 s + 生产 1,378 s；生产 ≈23 分钟
吞吐	1.13 ns/day（12 CPU 线程）
平台	OpenMM 8.6.0.dev · CPU

时间的三条独立来源互相吻合，不是照抄某个文件名：

执行设置：integrator.getStepSize() 实测 2.0 fs × 9,000 步 = 18.00 ps；
引擎状态日志 prod.log：末行 time = 18.000 ps；
DCD 头部的步长信息：ISTART=250、NSAVC=250、delta=0.040910 AKMA = 0.002 ps → 首帧 0.50 ps、帧间隔 0.50 ps，与 run_report.json 记录的上报间隔一致（脚本会比对，不一致就报错退出）。
上游 XTC 头自带真实时间：10–1000 ps。

关于 DCD 的正确说法：DCD 没有每帧时间数组，但带有步长/步数信息，所以物理时间是可以恢复的，不能说成"完全没有物理时间"。另外头部 NSET 帧数会随写入更新，对已写完的文件它是正确的，只是不能在读一个仍在写入的文件时把它当作最终帧数。

3.1 限制力不是摆设：跑了引擎级测试

限制性平衡用 periodicdistance(...) 表达式的谐振子。这个 OpenMM 构建版的 CustomExternalForce 没有 setUsesPeriodicBoundaryConditions 设值器（只有取值器），所以最小镜像只能靠表达式函数。这是关于引擎行为的断言，因此写了 5 项测试（../outputs/new_md/restraint_test.json，全过）：

测试	验证内容	结果
T1	参考坐标处能量与受力为 0	✅ 0 / 0
T2	已知位移 0.1 nm → 能量 5.000、回复力 −100.0（解析值 5 / −100）	✅
T3	整体平移一个盒矢量后不变	✅ 差 1e−14
T4	跨盒面时按最小镜像（0.1 nm）而非直线穿越（2.9 nm）	✅ 周期式 5.0 vs 非周期式 4205.0
T5	真实体系 2,584 个受限原子在自身参考坐标处为 0	✅

T4 还量化了写错的代价：非周期式的能量放大 841×、力放大 29× —— 所以这不是形式主义。

3.2 周期边界重建：用可证伪的判据，而不是"看起来还行"

两条轨迹的键长都做过检查：5,176 根蛋白键，最大 0.1932 nm，直线距离与最小镜像距离之差 ≈ 1.6–1.8e−8 nm，超过 0.01 nm 的键 = 0。也就是说蛋白在两套文件里本来就没断，重建是恒等操作（坐标最大改动 1.5e−8 nm），下游用周期距离计算是安全的。

这里也纠正一个我先前用错的判据：包围盒对角线不是"是否断裂"的判据。一个完整的 317 残基激酶域本身张成 6.61 × 5.43 × 6.72 nm，对角线 10.59 nm > 盒边 8.489 nm，但它是完整的。正确判据是逐轴坐标跨度 vs 盒边（6.61/5.43/6.72 < 8.489 全过）， 加上逐键直线距离 vs 最小镜像距离。

4. 图组：每条曲线在回答什么

全部图为 PNG + SVG + PDF 同步导出；每张图旁的 CSV 只是该图所画面板的便捷副本， 完整数据一律在 ../tables/，逐面板对应关系见 ../tables/figure_index.md。

A 组 — 到底模拟了什么

A1 体系组成（蛋白按残基计，水/离子/配体按分子计）。已改横向条形图，类别标签不再重叠，单位说明移到图注。
A2 协议对照表：哪些沿用原章节、哪些是已披露的改动。绿色 = 一致，红色 = 改动（配体参数重新生成、溶质 X–H 加 HBonds）。
A3 准备核验：配体式、CCD 别名、InChIKey 是否一致、原子映射数、键级分歧数、配体–蛋白最小距离 0.190 nm、原子数、约束数。

B 组 — 引擎自身诊断

B1 势能随时间：围绕均值波动，SD 仅 0.11%，全程保持有限值， 未出现能量发散。（本图没有做漂移检验；小 SD 只是描述量， 不作为平衡已充分的证据。）
B2 温度（按受约束自由度折算）：均值 299.93 K，SD 1.29 K（ddof = 1，n = 36）。图内标题印的正是 mean 299.93 K ± 1.29 (SD)，与 ../tables/summary.json、 ../tables/new_run_engine_log.csv 三者一致。
B3 温度分布（36 帧）。 这三幅只说明"积分是稳的"，不说明任何结合。

C 组 — 蛋白行为

C1/C2 蛋白 Cα RMSD（拟合集 = 残基 810–1010 的 Cα，201 原子），左右各自真实时间轴（0.5–18 ps vs 10–1000 ps），同一行只共享纵轴。新跑均值 0.064 / 最大 0.089 nm；上游均值 0.111 / 最大 0.135 nm。 两者都参考各自首个分析帧，所以不能互相相减。
C3a/C3b 回转半径：新跑均值 2.032 nm、SD 0.0034；上游均值 2.029、SD 0.0072。都没有膨胀迹象。
C4 逐残基 Cα RMSF。这是"对齐后围绕各自窗口均值的波动"，不是"相对首帧的 RMSD"； Rg 与 RMSF 都不存在"首帧为 0"这回事，只有 C1/C2 才以首帧为参考。

D 组 — 配体在口袋里的状态

D1 受体拟合后的配体位移：新跑均值 0.085 / 最大 0.108 nm；上游均值 0.133 / 最大 0.165 nm。这一格混了"整体漂移"和"内部呼吸"。
D2 配体自拟合的内部 RMSD（只描述形状）：新跑均值 0.060 / 最大 0.083；上游均值 0.111 / 最大 0.133。
D3 净质心位移：新跑均值 0.041 / 最大 0.077 nm；上游均值 0.052 / 最大 0.100 nm。在各自的保存窗口内，未见明显脱离口袋的迹象；短轨迹不能据此估计解离速率。

D2 与 D1 是两种不同的拟合（自拟合 vs 受体拟合），本报告没有做过把位移"分解为内部形变 + 整体漂移"的计算，因此只分别描述各指标，不对两者之差做归因。

本组不画任何"结合/解离阈值线" —— 因为没有公认定义，画了就是制造结论。

E 组 — 口袋接触

E1a/E1b 逐帧接触残基数（任一配体重原子 < 0.45 nm）。 两格共用纵轴，范围覆盖两条数据实际区间 21.5–30.8（上游实测 22–30，先前版本直接继承左格自缩放导致 22 与 30 被裁掉，已修）。
E2 逐残基接触占据率（前 16）。接触残基数的中位数：新跑 26.5，上游 26。并列占据率很多（大量 1.00），排序加了残基名次键，保证重绘次序确定。
E3 蛋白–配体氢键占据率。判据是几何的： H…受体 < 0.25 nm 且 D–H…A > 120°，候选来自共价连接性的任何 N/O —— 这是几何候选，不是化学受体类型判定（酰胺 N、质子化胺都不是真受体）。

轨迹	氢键	方向	占据率	平均 H…A	平均角
新跑	03P:O3 → Asp855:OD2	配体→蛋白	1.00	0.188 nm	158°
新跑	Met793:N → 03P:N4	蛋白→配体	0.75	0.239 nm	155°
新跑	Lys745:NZ → 03P:O3	蛋白→配体	0.28	0.283 nm	154°
上游	Met793:N → 03P:N4	蛋白→配体	0.95	0.218 nm	160°
上游	03P:O3 → Ser720:O	配体→蛋白	0.49	0.343 nm	114°

两条轨迹都保持 Met793 铰链氢键（0.75 / 0.95），这是 3POZ 系列体系里预期的铰链结合特征。新跑在这段窗口内额外持续满足几何氢键判据的是 03P:O3 → Asp855:OD2（36/36 帧）；上游则出现一个仅 0.49 占据率的 Ser720 接触。

这里不应称其为"盐桥"：03P 的 O3 是中性羟基氧（形式电荷 0，已验证），而盐桥需要两个带相反电荷的基团。上表按几何判据给出的是候选氢键，不区分静电类型，也不构成对相互作用的化学分类。

F 组 — 短模拟不能说明什么

F1 Cα RMSD 分块均值（6 × 3 ps）。只作描述性漂移诊断，不画误差棒 —— 帧之间高度相关，6 个相关块的 SEM 不是任何东西的置信区间。
F2 采样覆盖：新跑 18 ps 仅为上游 1 ns 的 1.8%。帧数接近 ≠ 信息量接近。
F3 配体 RMSD 分布：两者只有部分重叠。样本量小，不作显著性检验。图例已移到绘图区外（先前遮住蓝色直方图柱顶，已修）。

5. 两条轨迹各自说明了什么

上游轨迹（10–1000 ps，100 帧）说明： 在一个更长的窗口里，蛋白保持折叠、Met793 铰链氢键持续存在， 03P 在该窗口内未见脱离迹象；配体内部形变与净位移都处于亚埃到约 1.3 Å 量级。它给出的是这段 1 ns 内的持续性，同样不构成亲和力或收敛结论。

新跑轨迹（0.5–18 ps，36 帧）说明： 在同一套上游准备坐标上、用重新生成的 GAFF/AM1-BCC 参数重跑，得到的是在物理参数与采样都与上游不同的条件下，短窗口内再现了同样的定性图像： Met793 氢键保留，配体在该保存窗口内未见明显脱离（净质心位移峰值 0.077 nm = 0.77 Å）。

它同样说明了自己的边界。 本窗口实测（1 nm = 10 Å）：

指标	新跑	上游
蛋白 Cα RMSD（各自首帧参考）	均值 0.064 / 最大 0.089 nm = 0.64 / 0.89 Å	均值 0.111 / 最大 0.135 nm = 1.11 / 1.35 Å
配体受体拟合 RMSD	均值 0.085 / 最大 0.108 nm = 0.85 / 1.08 Å	均值 0.133 / 最大 0.165 nm = 1.33 / 1.65 Å
配体净质心位移	均值 0.041 / 最大 0.077 nm = 0.41 / 0.77 Å	均值 0.052 / 最大 0.100 nm = 0.52 / 1.00 Å

这些量级（亚埃到约 1.6 Å）在这个窗口里既不能判定"比上游更稳"， 也不能判定"结合更强"。

关键限制（必须一起读）： 上游 System XML 未随包提供 → 配体参数重新生成 + 我加了 HBonds 约束。所以两条轨迹的差异是"物理模型 + 采样"混合的结果，不能只归因于随机采样。这是一个条件性复现，不是逐比特复现。

6. 短模拟不能证明什么（逐条）

不能证明亲和力 / 结合自由能。RMSD 稳、接触多、氢键在，都不是 ΔG 或 Kd。若需要，必须另跑 MM/GBSA 或自由能扰动，并单独交代假设。
不能证明收敛。18 ps 是极短窗口；F1 的块均值仍在缓升，说明没有到达平稳的采样平台。上游 1 ns 也只覆盖单一随机实现的早期部分。
不能由本窗口推断解离行为。这里能说的只是：在保存的快照窗口内未见明显脱离。本轨迹不能用来估计解离速率（或任何动力学速率）：窗口只有 18 ps、快照间隔 0.5 ps，且只有单条轨迹，既没有足够长的驻留时间采样，也没有重复；"没有看到离开"与"不会离开"是两件不同的事。
不能证明筛选富集或成药性。本案例没有诱饵集、没有活性对照。
不能把两条轨迹的数值直接比大小。时间窗不同、物理参数不完全相同、各自参考各自首帧。
不能把"跑通/文件哈希稳定/轨迹好看"当作成功标准。

7. 本次收尾做的修改（只列改动）

#	位置	问题	处理
1	figE · E1a/E1b	E1b 直接继承 E1a 纵轴，裁掉上游的 22 和 30	共用纵轴改为覆盖两条数据实际范围（21.5–30.8）；E2/E3 并列值加残基名次排序键，重绘次序确定
2	figA · A1	横轴类别文字重叠、底部说明压柱	改横向条形图 + 短标签；单位说明移到图注
3	figC · C4	标题过长被裁；"更大因为时间更长及首帧参考"无受控比较支持	换简短科学标题；RMSF 明确为对齐后围绕自身窗口均值的波动；总图注只对 C1/C2 声明"首帧为 0"，并说明 Rg/RMSF 不适用；详细方法移入本报告图注
4	figF · F3	图例遮住蓝色直方图柱顶	图例移到绘图区外（下方）
5	文档	DCD 时间描述不准确	改为"DCD 无每帧时间数组，但带步长/步数信息，物理时间可恢复"；NSET 随写入更新，不能断言关闭前一定是占位符
6	`../inputs/ligand_identity.json`	该记录早于 CCD 核验，仍标 `bond_orders_independently_verified: false`	重跑仅感知/核验（不重参数化、不跑 MD），更新为 `true` 并附 CCD 明细；SDF 字节未变（sha256 一致），电荷缓存键仍有效

已确认无问题、未改动的部分：figD 标题换行、B3 温度标题、 C/D 各自的真实独立时间轴。

第二轮：纯文字精度修订（科学数据与图未动）

本轮不重算、不重绘（科学文件与图已在独立目录验证：七张表数值一致、 A–F 六张 PNG 逐像素一致、轨迹缺失时退出码 1）。只改下述可核实的表述：

#	位置	原文问题	处理
7	§4 · E1	接触判据写成 `≤ 0.45 nm`	改回方法实际使用的 `< 0.45 nm`
8	§4 · E2	称两条轨迹接触残基数"中位数都是 26"	按 `summary.json` 改为新跑 26.5 / 上游 26
9	§4 · E3	称 03P:O3→Asp855:OD2 为"盐桥式氢键"	03P 的 O3 是中性羟基氧，不构成盐桥；只称满足几何判据的候选，并给出 36/36 帧
10	§5	"约 0.2 Å 级 RMSD"与实测 0.064–0.165 nm 不符	改为具体指标值并按 1 nm = 10 Å 正确换算
11	§4 · D2	称上游较大值"主要来自内部形变"	D1/D2 是两种不同拟合，未做过位移分解；改为只分别描述各指标
12	§5	"口袋闭合""无解离"	无开闭指标 → 改为保存窗口内未见明显脱离
13	§3 / §4 · B1	"无漂移"	未做漂移检验 → 只保留未出现能量发散；并声明小 SD 不作为平衡的充分证据
14	§6	"0.5 ps 帧间隔无法解析快速的解离事件"	不宜泛称解离速度 → 改为本轨迹不能估计解离速率
15	§2.4 / `charge_assignment_history.md`	称首次尝试被"外层命令的超时杀掉"	与保存记录一致：编辑确认 PID 后主动 SIGTERM，非经证实的超时；并注明 `logs/charge.log` 只含第 2 次成功尝试
16	`README.md` §4	`MD=$(python3 scripts/md_env.py \	tail -1)`实际得到 JSON 的`}`	改用真实可用的函数调用（`discover_md_python(verbose=False)`）或直接由用户提供环境 python 路径，并加 `test -x` 守卫
17	`README.md` §4 / §5	未区分验收范围	明确：已验收=轨迹重分析入口；未验收=新机器从零重跑的整链
18	`report/REPORT.md`	图/表链接指向会话绝对路径	改为相对 `report/` 的 `../figures/`、`../tables/` 等，解压后可直接阅读

已确认无问题、未改动的部分：figD 标题换行、B3 温度标题、 C/D 各自的真实独立时间轴。

第三轮：审阅发现的问题（仅改文档）

独立审阅指出 §3 表与 §4·B2 的温度 SD 与保存产物不符。复核结果：审阅成立。

#	位置	问题	处理
19	§3 表 · §4·B2	温度"SD 0.94 K"在保存产物里找不到任何来源	改为 1.29 K（n = 36，ddof = 1），与 `../tables/summary.json` 的 `temperature_sd_K` = 1.2935 及 `../tables/new_run_engine_log.csv` 复算一致
20	§0 · §3 表 · `../README.md` §2	总墙钟口径未写明，读起来像与阶段拆分矛盾	并非数据错误：33.6 分钟 = `started_utc`→`finished_utc`（2,014 s，进程启动至结束）；33.3 分钟 = 各阶段计时之和（2,000 s）。现并列写出两个口径并注明差约 14 s 为导入/IO

关于 0.94 的核查：它在全部保存产物中只作为某帧温度值的一部分出现（300.94…K 的子串），并非任何 SD；即该数字无来源，是转写错误。 图本身是对的：figB 的 B2 标题印的是 mean 299.93 K ± 1.29 (SD)，故本轮未重绘任何图。为避免再次发生，SD 现在连同 样本数 n 与自由度约定（ddof = 1）一起写出。

第 20 项不是数据更正，只是把原本没写明的口径补上： "总墙钟"是进程启动至结束（2,014 s），"阶段合计"是各阶段计时之和（2,000 s），两者都对，并列写出即可。第一版修订曾误把 33.6 当作矛盾去"纠正"，此处已撤回该判断。

同时按审阅意见补充：§8 的独立验证明确署名为"教程编辑独立验证"并给出记录路径，不再表述为模块自行执行；并新增"读链接 vs 跑命令"的路径约定。

8. 复现与文件

轨迹重分析入口（可覆盖全部路径，搬移目录后仍可用）：在 module-07 根目录下执行 python3 scripts/run_analysis.py --help （脚本位于 ../scripts/run_analysis.py；需要含 mdtraj 的解释器）。自检：读 DCD 头步长信息重建每帧物理时间，并与 run_report.json 记录的上报间隔比对，不一致即报错退出。

独立验证的署名与出处

以下验证由教程编辑独立执行，不是本模块在本回合自行运行的。记录保存在 outputs/teachopencadd-ten-20260911/validation/，本报告只引用其结果：

验证记录	范围	结果
`module07-preparation-verification.json`	化学 / System / 拓扑（无 MD 重跑）	`passed: true`；粒子数 58,047、约束 55,360、配体 63 原子；电荷缓存与粒子一致（最大差 0.0）；总电荷 −8.5e−14；PME、无气压计；配体与 CCD 图/式一致
`module07-run-verification.json`	保存的 DCD / 日志 / PDB / System / checkpoint	`passed: true`；步长与积分器一致（2.000000006 fs）、步号与日志一致、物理时间 0.5–18.0 ps、温度与受约束自由度一致、NVT 盒子恒定、checkpoint 可续跑一步
`module07-analysis-verification.json`	两轨迹独立复算（库成像 + NumPy Kabsch + 直接距离）	`passed: true`；容差 0.5 pm 内全部指标吻合（最大差 ~1e−7 nm）、接触残基/占据率/计数一致、氢键几何逐一核对
`module07-entry-verification.json`	重分析入口在移动副本上重跑	`passed: true`；57.6 s；七张表行列一致、A–F PNG 逐像素一致、四格式齐全、轨迹缺失退出码 1

说明：module07-run-verification.json 只记录了温度的 min/max/mean，没有记录温度 SD；上面 §3/§4 的 SD 1.29 K 来自 ../tables/summary.json 的 temperature_sd_K 与 ../tables/new_run_engine_log.csv 的 36 帧复算（ddof = 1），三者一致。

从零开始的重跑（新机器）尚未验收。 配体参数化 + 建 System + 生产 MD 这条链路本会话只在本机跑通一次，未在干净环境上做端到端复现，因此 ../README.md §4 的命令应视为待验收；已验收的只有上面的重分析入口。

路径约定（读链接 vs 跑命令）

读本报告的链接：相对 report/ 目录，即 ../figures/…、../tables/…。
跑命令：先 cd 到 module-07 根目录，再执行 python3 scripts/run_analysis.py …（此处的 outputs/…、tables/、figures/ 都是相对根目录的路径）。从 report/ 目录里直接敲会找不到文件。
MD 重跑命令 + 环境要求：见 ../README.md §4。
完整原始数据 / 日志 / 电荷 / System 均已保留： ../outputs/new_md/system.xml、../inputs/ligand_03p_charges.json、 ../outputs/md_run/prod.dcd、prod.log、prod.chk、 ../logs/md_run.log、../logs/charge.log。
最终图 = ../figures/figA…figF* + 单问题版 fig02/03/04（PNG/SVG/PDF/CSV）。早期调试图（fig01、fig05–fig10、*.figmeta.json）已删除，取代关系见 ../README.md §6。

9. 数据来源与许可

TeachOpenCADD（Volkamer Lab）固定提交 4efdbd36723b5d07960142e15df393d7c6df2ba1，CC BY 4.0。上游 topology.pdb / trajectory.xtc 是上游参考产物，本交付只作重分析；新跑轨迹是本会话实际执行的真实动力学。配体身份取自 RCSB PDB 化学组分字典（CCD 03P / TAK-285；3POZ 为其模型坐标来源）。