omicOS 使用教程

单细胞 / 空间组学分析工作台 —— 由多智能体 LLM 驱动，构建于 OmicVerse 之上

这是什么

omicOS 是一个把"大语言模型多智能体"和"单细胞 / 空间组学分析"结合在一起的工作台。你用自然语言描述分析意图，omicOS 的智能体团队会自动调用 OmicVerse、scanpy 等工具，在一个共享的 IPython kernel 里跑出真实代码、图表和结果。

omicOS 由三个产品模块组成：

第四部分不对应一个新产品模块，而是把真实分析串起来：从整理数据、预处理到注释和下游分析，演示怎样在 omicOS 里完成一条工作流。

怎么读这本教程

• 第一部分 教你把 omicOS 装到自己的电脑或服务器上：安装、配置环境变量、登录云账号、在 SSH / HPC 上远程运行，以及全部命令行参数的高级用法。如果你想跑分析，从这里开始。
• 第二部分 用大量应用截图，手把手讲解 app.omicos.cn 网页端的每一个功能。
• 第三部分 用截图讲解 auth.omicos.cn 账户与服务端管理页面的配置与使用。
• 第四部分 按分析类型整理真实 use case。目前先从单细胞的数据整理、预处理和细胞类型注释开始。

📌 文档仍在持续更新。第四部分已经提供首组单细胞案例，空间转录组和 Bulk 案例将陆续补全。

三步快速上手

# 1. 安装 omicos（npm 方式，最简单）
npm install -g @omicverse/omicos

# 2. 登录云账号
omicos login

# 3. 启动并打开网页端
omicos serve
# 浏览器自动打开 https://app.omicos.cn

想了解每一步的细节、其他安装方式、以及服务器场景，请进入 第一部分。