04 · 蛋白上有很多凹陷，哪个口袋值得研究？
蛋白表面的凹陷，哪些适合研究？本节把共晶配体的位置、口袋之间的相似性和算法找到的腔放在一起比较，为后续对接选择区域。四组案例分别回答不同问题。
发什么提示词
新建对话，选择 CADD Workflow Runner。
发送：
请从 RCSB PDB 获取 EGFR 共晶结构（包括 3W32）及相关激酶结构，比较共晶配体的药效团、蛋白整体和结合口袋的相似性，再用 KLIFS 与 DoGSiteScorer 信息定位 ATP 口袋。用组图说明应选哪个口袋继续对接，并给出理由和来源。
结果出来后，可以追问：
5UG9 的 P1 和 P2 体积差不多，为什么判断对接区域时更看重残基重合数？
读懂结果
| 本节的问题 | 采用的案例 | 结果的含义 |
|---|---|---|
| 几个共晶配体共有哪些空间特征？ | EGFR：5UG9、5HG8、5UG8、5UGC | 形成待检验的集合药效团。 |
| 整体蛋白与局部口袋的比较一样吗？ | T010 的七个 imatinib/STI 复合物 | 比较两种对齐范围下的几何差异。 |
| 不同激酶的位点怎样逐位比较？ | KLIFS 的九种激酶 | 对齐口袋位置，并保留缺失信息。 |
| 算法找到的腔与配体所在处重合吗？ | T014 的 3W32，以及 EGFR 5UG9 | 比较检测到的腔与参考结合区域。 |
1. 多个配体有哪些共有空间特征？
图 1｜左边的小点代表氢键供体、受体或疏水特征，叉号代表特征簇中心；右边给出每簇的两个计数。颜色在两个面板间保持一致。
- 这张图看什么： 左边的小点代表氢键供体、受体或疏水特征，叉号代表特征簇中心；右边给出每簇的两个计数，颜色在两个面板间保持一致。使用 5UG9、5HG8、5UG8、5UGC 四个 EGFR 共晶结构，沿用 T009 保存的对齐结果：先叠合蛋白，再对配体施加相同的刚体变换。
- 看到什么： 四个配体提供 25 个受体点、10 个供体点和 21 个疏水点，聚成 9 个保留簇：8 个获全部四个配体支持，1 个获三个支持。
补充说明
一个配体可能贡献多个点，所以点数不等于支持它的分子数。这些药效团特征用于提出识别假设，不能换算成结合强度。2. 整体不像的蛋白，口袋会更像吗？
图 2｜同一色标下的整体蛋白与局部口袋 RMSD 矩阵；右边把每对结构的两个值并排。RMSD 单位为 Å，1 Å = 0.1 nm。
- 这张图看什么： 同一色标下的整体蛋白与局部口袋 RMSD 矩阵；右边把每对结构的两个值并排。RMSD 单位为 Å，1 Å = 0.1 nm。T010 的 七个 imatinib/STI 复合物包含六个激酶结构与非激酶 3FW1（醌还原酶 2），不含 EGFR；取 STI 周围 10 Å 内的完整残基定义口袋，分别比较整体与局部 RMSD。
- 看到什么： 21 对中有 18 对口袋 RMSD 更低；但 3FW1–1T46 的整体和口袋偏差仍约 21.6 Å、15.3 Å。本次用 Biopython 进行结构对应与叠合，结果与原教程不完全相同。
补充说明
不能只因局部值更低就称高度相似。3. 用标准位置比较，口袋差在哪里？
图 3｜左边逐位比较口袋序列，右边比较激酶对。
- 这张图看什么： 左边逐位比较口袋序列，右边比较激酶对。KLIFS 把激酶口袋对齐为 85 个标准位置。
- 看到什么： 九种激酶中，82 个位置都有观测，只有 6 个位置在全部九种中一致。EGFR 与 ErbB2 的一致度约 0.894（分母 85），与 p110α 约 0.120（分母 83）。
补充说明
缺失位置要说明分母，不能记成相同或不同；p110α 是脂质激酶，也不能默认九种靶点有相同背景。序列差异能提示选择性问题，不能直接给出药物选择性。4. 算法找到的腔，落在参考结合区域吗？
图 4｜柱高都是口袋体积；柱顶指标左右不同：左为配体覆盖率，右为与 20 个参考残基的重合数。
- 这张图看什么： 柱高都是口袋体积；柱顶指标左右不同：左为配体覆盖率，右为与 20 个参考残基的重合数。DoGSite3 在 3W32 和 5UG9 上找腔。
- 看到什么： 3W32 的 P1 约 306.2 ų，覆盖参考配体约 89.7%；5UG9 的 P1、P2 体积相近，但与 20 个参考残基分别只重合 3 个、17 个。口袋预测未使用配体坐标提示，但蛋白仍采用与配体共同结晶时的构象。
补充说明
体积最大并不是唯一选择依据；两个面板柱顶指标不同，一个是配体覆盖率，一个是残基重合数。本次 **未返回 drugScore**，不能从图中读取成药性评分。下一步
对当前 EGFR 问题，优先研究共晶配体定义的 ATP 结合区域——激酶执行功能时结合 ATP（细胞的能量分子）的位置，很多激酶抑制剂就占住这里——有实验结构位置和本次口袋比较作为依据。是否能产生合理的候选姿势，还需要下一节的重对接来检验。去之前可以先发一句追问，把口袋选择问清楚：
5UG9 的 P1 和 P2 与 20 个参考残基分别只重合 3 个和 17 个，这会怎样影响下一节的重对接？
下载第四节结果包，解压后先打开 readable-report.html。
| 想进一步检查什么 | 打开哪个文件 |
|---|---|
| 配体的身份与化学特征 | tables/egfr_ligand_identity.csv、tables/egfr_ligand_feature_points.csv |
| 药效团簇由哪些配体贡献 | tables/egfr_ligand_pharmacophore_clusters.csv |
| 结构之间有哪些对应原子 | tables/t010_correspondence_*.csv |
| 缺失位置如何影响比较 | tables/klifs_pocket_position_conservation.csv、tables/klifs_pocket_comparable_positions.csv |
| 每个预测口袋的数值 | tables/dogsitescorer_pockets_*.csv |
| 图中实际画了什么 | figures/ 下与组图同名的 CSV |
| 在自己的工作空间重跑 | code/run_module04.py、README.md |
下一节用 2ITO/IRE 与 3POZ/03P 两个体系做重对接与相互作用检查。继续第五节：对接姿势看起来合理，怎样真正检查它？。
原始教学内容：T008、T009、T010、T012、T014。作者、论文与许可见指南首页。
工具文档：KLIFS 官方说明、接口及参数说明。
返回指南首页。