1. 概述：omicOS 是什么
一句话理解
omicOS 是一个把"大语言模型多智能体"和"单细胞 / 空间组学分析"结合在一起的工作台。你用自然语言描述分析意图，omicOS 的智能体团队会自动调用 OmicVerse、scanpy 等工具，在一个共享的 IPython kernel 里跑出真实代码、图表和结果。
本部分（第一部分）讲的就是它的"内核"——omicos-core：一个用 Rust 编写的本地程序。理解它的角色，是用好 omicOS 的基础。
omicos-core 的双重身份
omicos 这一个二进制，既是本地守护进程（daemon），也是终端聊天客户端（TUI）：
- 作为守护进程，它在本机监听
http://127.0.0.1:5055，对外暴露一套稳定的 HTTP + SSE 接口（/api/*），网页端 SPA（app.omicos.cn）会连上它。 - 作为终端客户端，它直接在命令行里开一个聊天窗口（
omicos cli），适合没有浏览器的 SSH / HPC 环境。
无论哪种身份，所有分析代码都跑在同一个共享的 IPython kernel 里，所以 adata 对象、notebook 变量、图表、文件状态在网页端和终端之间是完全一致、互通的。
四种运行模式
omicos 命令有四个子命令，对应四件事：
| 命令 | 作用 |
|---|---|
omicos serve |
启动 HTTP 守护进程，并（默认）打开浏览器进入网页端。无子命令时的默认行为，即直接敲 omicos 等于 omicos serve。 |
omicos cli |
启动内嵌守护进程 + 终端聊天界面（TUI），无需浏览器。 |
omicos login |
登录 omicOS 云账户。 |
omicos env |
管理本地 Python 分析环境（安装 / 诊断）。 |
它如何连接云端
omicos-core 通过一条 outbound 的 WebSocket（wss://auth.omicos.cn/ws/process）主动连到 omicOS 云端的 ProcessHub，用于：
- 进程注册与心跳：让云端知道"你这台机器上有一个 omicOS 进程在线"。
- 会话与轨迹同步：把对话、分析轨迹（trajectory）备份到云端，即使本地进程退出，记录也还在。
- 跨机器中继：让你在笔记本浏览器里，操作一台远程服务器上运行的 omicOS（详见远程部署配方）。
重要：本地优先。 kernel、数据、notebook 都在你自己的机器上运行。云端只负责账户、同步和中继，不会把你的原始数据搬走。
服务域名
omicOS 的云端服务统一使用：
| 用途 | 域名 |
|---|---|
| 认证 / 服务端 | auth.omicos.cn |
| 网页端 SPA | app.omicos.cn |
本部分覆盖什么
第一部分是一份完整的"把 omicOS 跑起来"的指南，依次讲：
- 前置条件 → 安装 → Python 环境
- 登录 → 启动（serve / cli）
- 远程 / SSH / HPC 部署
- 参考资料：命令参数、环境变量、目录结构
- 进阶：Provider / 模型、Agents / Skills / Memory
- 故障排查
当前文档基于 omicos-core v0.2.18。