数据与运行说明

跟着教程从头做，只需要公开输入和配套 Agent/Skill。分析脚本是 Agent 在各章中生成的产物，不是开始对话前需要读者准备的答案。

在 Omicos 中，iobrx Analyst 负责理解问题和组织分析，iobrx Skill 提供方法说明与调用入口，配套 harness 执行它支持的标准计算。统计建模、补充分析和绘图由 Agent 调用合适的 R/Python 工具完成。下方列出的 IOBR 等资料用于注明方法与数据来源，跟做时直接使用各章的建议问法即可。

各章正文"可以这样问"里的文字是按本次实际会话整理的建议问法，可直接复制或按需修改；会话的原始提问、校阅请求逐字保留在运行资料包中。第 1 章展示实际的 Skill 加载与 harness 入口解析。含旧版提问的截图仅作为历史记录保留：签名评分、反卷积、临床表型、TME 交互、生态系统、基因组、建模。

先准备公开输入

下载输入准备包（ZIP，约 5.3 KiB）。包中有来源清单、数据说明和格式转换工具；大型公开数据在运行时下载，包中不含预先做好的分析结果。

解压后，在有 pandas、pyarrow、pyreadr 和 Rscript 的 Python 3.11+ 分析环境里执行：

python prepare_inputs.py --case-dir /path/to/workspace/iobrx_skill_tutorial

将示例路径换成自己的工作空间。本次运行位置是 /mnt/e/白癜风/prtest，因此案例目录是其下的 iobrx_skill_tutorial。

准备工具先校验下载文件的 SHA256，再转换为便于分析读取的 Parquet、TSV 和 GMT。这些转换保留原数据的数值与身份；计数还原、TPM、签名和模型都留给后续对话执行。遇到来源校验失败，应核对文件版本和清单，不要直接跳过。

输入包 SHA256：

eaeb920bab4219666566896616f2d5d407bcaabb6aefe9c542f1129613229ea4

本次已在独立目录测试这个准备过程，并把生成的表达/临床 Parquet、签名 GMT、突变 TSV 与实际分析输入逐项对比，数值、标签和内容一致。该检查使用了原始下载文件缓存，验证数据转换；不等于保证任何网络环境下都能顺利下载。

三类队列资料

数据说明和实际地址见来源清单。此外，输入中包括 IOBR 的 GRCh38 注释、签名定义与引用，以及 TMEclassifier 作者提供的模型资源。GitHub 文件固定提交，其他下载保留 URL 和校验值。

下载快照冻结于 2026 年 9 月 11 日，下载日期不是数据版本日期。Xena STAR counts 元数据注明 2024 年快照、GDC release 40、log2(count+1) 以及同一样本不同 aliquot 的平均处理。MC3 是另一套突变资料，不能把它写成与 RNA 同一次 GDC 下载，也不能因按患者和基因名合并就声称做过基因组坐标转换。

TCGA-STAD 的 448 份表达中包含 412 例唯一原发肿瘤和 36 份正常组织。临床缺失只影响相应临床问题；突变没有检测记录，也不能直接记为“野生型”。各章会报告实际可用人数。

Agent、Skill 与运行环境

本次界面选中 iobrx Analyst（本地教程预览），模型为 DeepSeek V4.1 Flash，思考强度“高”。预览 Agent 和 Skill 使用 dev_iobrx_book 这个独立本地标识，避免覆盖云端条目；其分析入口仍是 iobrx harness。

教程制作同时补充了可复用的 Skill 方法参考，覆盖八个科学问题、数据尺度、样本对齐、统计与读图边界。这些内容通过普通本地扩展入口加载。截图代表本地预览实测，不表示这套新增参考已经发布到所有用户的云端目录。 跟做时需要包含这些参考的版本；旧目录版本可能需要更明确的任务说明。

配套内容见 omicos-admin PR #766，源码提交为 b660a2ad253f85e97bd5b83de605a105c6f37fbb。Agent 与 Skill 都沿用 biology / community，没有改动 harness 的执行代码或增加权限。第 1–3 章制作期间补充过读图与路径说明；实际使用的本地资源校验记录随运行资料保存。PR 合并及正常 catalog 发布完成前，应将本教程视为该版本的预览案例。

软件包、Agent/Skill 和模型分别记录。不能仅凭界面上显示“iobrx”或旧的版本字符串，推断所有组件已经同步；每个真实 harness 清单记录当次运行的包版本、后端、参数和输入。

文件怎样衔接

你的工作空间/
└── iobrx_skill_tutorial/
    ├── inputs/                 # 公开输入与来源说明
    └── results/                # 由八章对话逐步生成
        ├── 01_rna/
        ├── 02_signatures/
        ├── 03_deconvolution/
        ├── 04_phenotypes/
        ├── 05_interactions/
        ├── 06_ecosystem/
        ├── 07_genomics/
        └── 08_modeling/

在同一个项目、同一个工作空间里依次新建对话，使用正文给出的建议问法。前一章的数据文件供下一章读取，样本通过 ID 对齐。临床关联与模型可以用不同的完整病例子集，但必须说明各自人数和原因。

标准 iobrx 操作会留下 requests/、runs/ 和真实的 results_manifest.json。Cox、差异表达、GSEA 和预测模型中的配套统计步骤保留实际代码与结果表，不会人为给它们补一个并不存在的 harness 执行记录。

交付时应使用核实后的绝对路径。本次本地界面仍有一处路径解析问题：自定义案例目录的路径可能被再次接到会话输出目录，导致内嵌图显示 404。实际文件完整，已验证可以从右侧工作空间文件面板进入案例目录打开。教程采用这种真实可用的预览方式；截图仅裁去无关区域并排版，分析图来自本次结果，第 5、7 章的重绘记录见下方。

核对本次交付

下载八章实际运行资料（ZIP）。文件大小、数量和 SHA256 见资料包校验清单。输入准备包与运行资料包分开提供，跟做时先准备输入、提出问题；运行资料用于事后核对。

资料包包含实际提问与校阅请求、八个会话的身份和版本记录、各章生成代码、harness 请求与清单、统计全表、绘图数据、原图，以及第八章保存的模型。大型派生表达矩阵不重复装入 ZIP，而是记录文件身份和 SHA256，可由公开输入与已存步骤重新生成。artifact-inventory.json 逐项列出收入和未收入的文件。

第 5 章整合热图在校阅后重排行列，保留全部 61 个特征、412 位患者、原三簇成员和每个 z 分数。行按最高组均值分组，患者在原簇内按 22 类细胞特征聚类排列；右侧增加同一数据的组均值。新版矩阵、顺序、SVG、参数和校验记录见热图重绘资料包，重绘脚本读取原资料包中已经标准化的结果表，不重新标准化或重跑分析。

第 7 章突变图在校阅后改为瀑布式排列，保留原来的 30 个基因、409 位患者及每个单元格的事件类别，未重跑统计分析。新版矩阵、行列顺序、SVG 和校验记录见突变图重绘资料包，重绘脚本直接读取原资料包中的结果表。

原运行资料包保留两张旧图。对应的 Agent/Skill 排序规则补充见 PR #770，分别说明连续热图的模式排列与突变图的瀑布式排序。

独立核查代码和结果位于包内 audits/，重点包括：

八个主会话均完成；过程中的纠错、同会话继续和图件校阅有原始请求留痕。正文与资料包使用这次新案例生成的结果，完整的会话范围及版本说明保存在 provenance/execution-provenance.json。

阅读结果时，先确认人数、输入单位和统计口径，再看图和解释。保存的代码有助于追溯这一次运行；其中部分代码引用当前 Skill 运行入口，迁移到另一台电脑时应重新解析入口并检查环境，不能把归档脚本等同于已经测试过的跨平台安装程序。

“保留全部样本”适用于具备所需资料的分析阶段，不意味着填造缺失临床信息或把未知突变检测状态当作阴性。本次也没有根据结果是否显著来选择样本、改变临床标签或挑选测试集。

参考：IOBR 方法文档、IOBR 2.0、TCGA 胃癌研究。