5. TME 交互：把细胞、功能和配体受体放在一起读
本章延续 STAD 主队列，观察患者之间的微环境组合模式。
这一步想知道什么
前面几章逐个看细胞和功能。本章把视角拉远：哪些患者的细胞组成相似？他们的功能分数是否也有共同特点？配体受体（LR）相关表达能否补充这幅图景？目标是得到一组可以进一步检验的模式，而不是给每位患者过早贴上固定的临床标签。
可以这样问
基于 iobrx_skill_tutorial 的本次 STAD 表达、签名和反卷积结果，
用 iobrx 分析细胞组成、免疫/基质功能和配体受体信号如何共同变化。
完成有依据的无监督分群和配体受体
分析，用整合热图、分组比较等图件解释主要模式，并说明 bulk 表达能
支持什么、不能证明什么。尽可能保留全部合格肿瘤，不参考其他案例的
脚本或结果。产物保存到 results/05_interactions，用中文解读。
Agent 根据 iobrx Skill 选择分群与配体受体分析方法，调用 harness 完成相应计算，再把结果合在一起解释。
结果怎么看
先看患者分成几群。 无监督分群不预先贴标签，按输入特征的距离把相近患者放在一起。本次以 412 例 × 22 类 CIBERSORT 细胞为主分析（k-means、逐特征标准化、种子 123），在 k=2–5 中按 KL 指数选簇数。选中的 k=3 对应 TME1 114 例、TME2 101 例、TME3 197 例。
右图是一项敏感性分析：去掉本队列中很低或多数为零的 3 类细胞后（剩 19 类），最佳簇数变成 4；两种划分的调整兰德指数 ARI 为 0.657（1 表示完全一致，接近 0 表示与随机相当）。所以三簇结果适合整理本次数据，却不能宣称"胃癌天然只有三种微环境"。本章的簇编号只是本次数据与参数下的分组，不自动对应下一章分类器的 IA/IE/IS。
再读整合热图：从左上到右下，依次看 TME1、TME2、TME3 相对较高的特征。右侧细条区分细胞、功能和 LR，最右侧的三列是各组均值，方便对照总体模式。
每列始终是同一位患者，三簇成员不变；组内把细胞组成相似的患者放在一起。行按“哪个簇的平均 z 分数最高”分组，形成便于阅读的阶梯。这个排列帮助整理已有模式，本身不证明三组界限分明。
全图 61 行 × 412 列（22 类细胞 + 15 项功能特征 + 24 项 LR 特征，LR 展示项来自每簇靠前特征，完整 775 项结果仍保存）。热图把每一行标准化：红色表示该特征在队列中的相对高值，不能拿两行同样的红色比较绝对大小。三个簇的模式：TME2 的 CD8 T、M1 巨噬细胞和多项免疫效应签名相对较高；TME1 更突出 M0 巨噬细胞、中性粒细胞及相关趋化信号；TME3 的 Treg、静息肥大细胞和部分 LR 特征相对突出。用原始 CIBERSORT 比例核对几个中位数（TME1/TME2/TME3）：CD8 T 0.037/0.175/0.083，M0 0.176/0.058/0.060，Treg 0.030/0.033/0.063——这些是参考免疫细胞内部的相对比例，不是整块肿瘤里的绝对数量。
然后弄清 LR 分数增加了什么。 配体与受体可理解为潜在信号的发送与接收组件；bulk RNA 测的是组织混合表达，LR 分数帮我们看到哪些组件组合在患者间共同变化。本次 lr_cal 接收线性 TPM，内部转为 log2(TPM+1)，简单配对取两者较小值——可以理解为表达层面的"短板"限制值，但没有直接测量信号传递强度。最终交付 412 × 775 的 LR 表。注意复合名称：标签里出现三个基因（如 IFNG_IFNGR1_IFNGR2）不代表程序对三者共同计算，当前实现保留的是主配对 IFNG_IFNGR1 的值。
最后看组间差异和共变。
箱线图回到各自原始单位，不能跨面板比大小。总体 KW 检验分别在三个家族内做 BH 校正：22 类细胞中 17 项、15 项功能特征中 14 项、775 项 LR 中 525 项达到 q<0.05。
放下簇标签，直接看 412 位患者中的共同变化：CAF 签名与 ESTIMATE 基质分数 ρ=0.865，CD8 比例与 T 细胞炎症签名 ρ=0.584，IFNG 相关 LR 与 IFNG 签名 ρ=0.888。注意两点：先用细胞分群再比较这些细胞，本来就倾向于看到差异，箱线图不构成分群准确性的独立验证；同源表达产生的功能与 LR 分数高度相关，也不是两份完全独立的证据。更不能仅凭 bulk LR 分数确定发送细胞、接收细胞或空间接触——要证明通讯机制，还需要细胞分辨率或空间信息。
接下来怎么做
接着做第 6 章肿瘤生态系统：换一个角度，用作者已经训练好的分类器给这些患者打状态标签，并检查标签背后的不确定性。想先核对本章，可以问："把分群特征换成 MCP-counter 的细胞分数，簇数和热图模式变化大吗？"
完整表、请求、运行清单与绘图代码见数据与运行说明。