简介
第一部分 · 配置与使用
1. 概述:omicOS 是什么
2. 前置条件与系统要求
3. 安装:通过 npm 安装
4. 配置 Python 分析环境
5. 首次登录与云端账户
6. 启动 omicOS:serve 模式(浏览器)
7. 启动 omicOS:cli 模式(终端)
8. 远程 / SSH / HPC 部署配方
9. 命令与参数速查
10. 环境变量完整参考
11. 目录结构与磁盘文件
12. 进阶(一):LLM Provider 与模型
13. 进阶(二):Agents / Skills / Memory / R / 后台任务
14. 进阶(三):A2A 协议与外部智能体互操作
15. 故障排查与常见陷阱
第二部分 · omicOS UI 图文教程(app.omicos.cn)
本部分导读
1. 概览:在浏览器中使用 omicOS
2. 登录与连接本地后端
3. 工作台总览与导航
4. 与智能体对话
5. 工具调用、流式与内联图
6. 工具页(Tools)
7. 内核与运行时监控
8. 变量检查器与数据查看
9. 工作区文件与预览
10. 内置终端
11. 设置
12. 订阅与套餐
13. 进阶:技能库 / 新手引导 / 轨迹 / 团队
第三部分 · 服务端管理图文教程(auth.omicos.cn)
本部分导读
1. 概览:服务端控制台是什么
2. 登录与控制台导航
3. 进程管理
4. 轨迹管理
5. 群组与实验室
6. 设置 · 账号与安全
7. 设置 · 订阅与计费
8. 设置 · 用量与配额
9. 设置 · 模型 / 图床 / 偏好
10. 帮助、关于与计划审批
第四部分 · 分析操作案例与指南
本部分导读
单细胞-上游分析
1. 数据整理
2. 预处理
3. 细胞类型注释
4. 常规画图与简单差异表达
5. 在画布中编辑图片
使用技巧
如何节省 token
如何写最简提示词
智能体索引
把图画进 Adobe Illustrator(现场矢量绘制)
单细胞-下游分析
1. 亚类注释前的准备
2. 细胞亚类注释
3. 通路富集评分
4. 基因调控网络
5. 代谢分析
6. 轨迹分析
7. 3CA 元程序分析
Bulk 分析
iobrx
1. RNA 数据预处理
2. 签名评分
3. TME 反卷积
4. 签名与表型
5. TME 交互
6. 肿瘤生态系统
7. TME 与基因组
8. TME 建模
数据、方法与复跑说明
CADD 分析
1. 手上的公开数据,够不够开始这项研究?
2. 一个分子,怎么变成能分析的数字、字符串和图?
3. 相似分子怎样分组?活性预测怎样检验?
4. 蛋白上有很多凹陷,哪个口袋值得研究?
5. 对接姿势看起来合理,怎样真正检查它?
6. 怎样把前面的步骤连成一次候选筛选?
7. 分子开始运动以后,我们能多知道什么?
8. 两个激酶相似,究竟是哪一方面相似?
9. 同一个分子,字符串、图和三维坐标各学到什么?
10. 模型什么时候值得相信,什么时候该继续查证?
空间转录组分析
本書使用 HonKit 釋出
空间转录组分析
空间转录组分析
即将更新。
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