CADD 分析

本演示围绕 EGFR 激酶的 ATP 结合口袋开展小分子筛选，最终整理出 4 个待进一步检查的候选及其筛选理由。本指南用十个对话案例演示 CADD（计算机辅助药物设计）：发什么提示词、怎么看结果、下一步怎么做。计算和作图由 CADD Agent 完成，你不必先学会写代码。

先分清两个名词：靶点和配体

可以把药物作用想象成锁与钥匙。蛋白靶点是那把锁：希望被药物影响的蛋白质，本指南的靶点是 EGFR，一种激酶。小分子配体是候选钥匙：可能嵌进锁孔的小分子，这里的锁孔是 EGFR 的 ATP 结合口袋。准确地说，配体并不是要「打开」这把锁——它只是可能嵌入口袋并与蛋白接触，接触是否合理、是否稳定，要靠对接、相互作用分析和分子动力学逐步检查。

分析流程

各案例涵盖以下步骤：

主线之外，08 换一个观察角度比较不同激酶的靶点相似性，09 用独立案例学习深度学习表示。08、09 使用独立案例，数据和分数各自解读。

演示结果

数据整理使用含 5,568 个与 EGFR 活性相关的小分子的公开分子表，并通过 ChEMBL 和 PubChem 核对活性与身份。

结构分析在不同环节使用 EGFR 的 3W32、2ITO 和 3POZ 共晶结构。候选筛选另从 PubChem 返回的 30 个相似分子出发，按性质、对接分数和相互作用证据逐步筛选。

最后得到 4 个待进一步检查的候选。这 4 个候选的证据并不相同：CID11292933 的对接分数最高，但首位姿势距 Met793 主链最近重原子仍有 7.42 Å；CID65997 的性质评分最高且对接靠前；CID214347 未通过化学感知核验，暂时不能解释其相互作用；CID11256587 仍带有结构警示和未指定立体化学。名单因此同时记录「为什么留下」和「还要查什么」。

这些结果用于确定下一步验证对象；对接分数不等于药效，候选是否具有真实活性仍需实验确认。

开始前，准备一次就够了

1. 按安装与启动说明连接 Omicos，并选择自己的工作空间。
2. 创建一个 CADD 项目，选择 CADD Workflow Runner。
3. 从第一节开始，每节新建一个对话，发送页面给出的提示词。提示词会告诉 Agent 研究对象和目标；Agent 自行查询公开数据并说明来源。

计算可能需要等待；部分章节还会查询公共数据库。

十个案例，逐步完成分析

前六节以 EGFR 为主，从公开活性记录走到候选筛选；第七、八节观察分子运动并比较不同激酶；最后两节用 QM9、EGFR 和 KIBA 的独立案例学习深度学习与预测不确定性。

阅读与复用

• 提示词可以直接使用，熟悉后再换成自己的数据。多数组图可点击放大。
• 各节末尾可下载完整结果：先读 readable-report.html，需要重算时再看包内说明。
• 页面按实际结果整理，截图保留当时的提问；分析中也经过追问和修正。

数据来源与参考文献

本指南基于 Volkamer Lab 及贡献者的 TeachOpenCADD 公开数据与教学内容改编，分析和图表在 Omicos 中完成。

• TeachOpenCADD 原教程与作者信息
• 2019 年方法论文：TeachOpenCADD — a teaching platform for computer-aided drug design
• 2022 年扩展论文与教学内容
• 原项目 CC BY 4.0 许可证

从 第一节：手上的公开数据，够不够开始这项研究？ 开始。

查看示例使用的模型设置

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