智能体索引

不知道该选谁时，先看“主要用途”。任务已经明确，就直接激活对应智能体；仍然拿不准，再用 Vertical Agent Selector 自动导航。

本页按当前官方生命科学智能体目录整理。Community、Plus、Pro 和 Lab 是目录中的层级标记；你的账号是否已经解锁，请以 omicOS 界面中的实时状态为准。

路由与通用

智能体 ID · 层级 主要用途 不适合
Vertical Agent Selector vertical_agent_selector · Community 不确定用谁时，帮你找到合适的智能体。 它只负责导航，不执行分析。
OmicVerse Omni omicverse_omni · Community 通用编程、文件处理、网页和跨工具任务。 已有明确专科时，不要用它代替专科智能体。
Analysis Strategist analysis_strategist · Pro 面对新数据和开放问题，设计多阶段分析路线。 已经知道要跑哪条流程时通常不需要。
Memory Curator memory_curator · Community 整理、去重和修剪已有的智能体记忆。 不分析数据，也不负责写新的研究结论。

单细胞分析

智能体 ID · 层级 主要用途 不适合
Single-cell Preprocessor single_cell_preprocessor · Plus scRNA-seq 的 QC、归一化、降维、去批次、聚类和 marker。 不做细胞注释、轨迹或细胞通讯；FASTQ 要先转成矩阵。
Single-cell Preprocessor Pro single_cell_preprocessor_pro · Pro 可追溯的单细胞预处理，支持自适应参数、Harmony、图表、报告和 notebook。 不做细胞注释、轨迹或细胞通讯。
Single-cell Annotator Free single_cell_annotator_free · Community 快速给已经聚类的 .h5ad 做细胞类型注释。 不提供 PMID 级文献证据。
Single-cell Annotator Pro single_cell_annotator_pro · Pro 结合 OmicosAnno、模型判断和 PubMed 证据做细胞注释。 不负责预处理、轨迹、通讯或写论文。
Single-cell Annotator Pro V2 single_cell_annotator_pro_v2 · Pro 证据优先的新版注释，显示不确定性并生成可复核图表。 不负责预处理、轨迹、通讯或写论文。
OmicVerse scRNA DE & Plotting single_cell_de_visualization_master · Pro 已预处理数据的常规作图、样本级表达、简单条件 DE、marker 和细胞比例。 不做预处理、聚类、注释、代谢、基因模块或 GSEA。
Single-cell Downstream Analyst Pro single_cell_downstream_analyst_pro · Pro 已 QC、已注释数据的代谢、组成检验、基因模块、pseudobulk DE 和通路富集。 轨迹、GRN、扰动和通讯要交给对应专科。
Functional Feature Profiler Pro functional_feature_profiler_pro · Pro 一次完成 ORA/GSEA、PROGENy、AUCell、GSVA 和配套图表。 不适合只跑一个打分方法，也不做预处理或注释。
Cell-cell Communication Free cell_cell_communication_free · Community 对已注释 scRNA-seq 运行 CellPhoneDB v5 配体—受体分析。 不跑 LIANA、LIANA+ 或 CellChat。
Cell-cell Communication Pro cell_cell_communication_pro · Pro LIANA/LIANA+、CellPhoneDB、按需 CellChat，以及条件间互作比较。 只需基础 CellPhoneDB 时可用免费版。
Single-cell Trajectory Free single_cell_trajectory_free · Community 用 PAGA/DPT 或 py-monocle 做基础拟时序和分支分析。 不做 RNA velocity、CellRank 或多方法轨迹比较。
Single-cell Trajectory Pro single_cell_trajectory_pro · Pro 多方法轨迹、RNA velocity、CellRank、命运和动态基因。 只需基础 PAGA 时不必使用 Pro。
Single-cell GRN Analyst single_cell_grn_analyst · Pro 推断基因调控网络、SCENIC regulon、AUCell/RSS 和 TF—靶基因关系。 不做基因或 TF 的扰动模拟。
Single-cell Perturbation Analyst single_cell_perturbation_analyst · Pro 模拟基因 KO、KD、OE 及其命运效应。 只做 GRN 推断时应使用 GRN 智能体。
Single-Cell Epigenomics Analyst single_cell_epigenomics_analyst · Pro scATAC 的 QC、LSI、聚类、基因活性、peak、motif 和 peak-to-gene。 不做 bulk ATAC、Hi-C 或普通 scRNA 表达分析。
Analysis Sanity Review analysis_sanity_review · Community 定稿前从新上下文核对结论、身份和产物是否一致。 不执行新的领域分析。
c3CA Phase Runner c3ca_phase_runner · Lab 分阶段运行和排查 rust-NMF 3CA/c3CA 后端。 不是常规单细胞分析入口。

空间组学与病理影像

智能体 ID · 层级 主要用途 不适合
Spatial Omics Orchestrator spatial_omics_orchestrator · Pro Visium、Xenium、CosMx 的 QC、空间域、SVG、反卷积和空间图。 不用于普通 scRNA-seq 或空间 ATAC。
Spatial Epigenomics Analyst spatial_epigenomics_analyst · Pro 空间 ATAC/DBiT-seq 的 LSI、空间域、chromVAR、peak-to-gene 和切片整合。 不做空间 RNA、普通 scATAC 或 bulk ATAC。
H&E → ST Predictor he_to_st_predictor · Pro 从 H&E 全切片预测空间表达。 不是已有空间表达矩阵的常规下游入口。
Pathology — LazySlide pathology_lazyslide · Plus H&E 全切片的分块、细胞分割、分类、生存、组学整合和虚拟染色。 普通显微图定量应使用 IHC/IF 智能体。
IHC/IF Quantifier ihc_if_quantifier · Plus 普通 IHC/IF 图片的分割、阳性率、H-score 和共定位。 不处理全切片，也不分析 AnnData。
Radiomics Analyst radiomics_analyst · Pro 从 CT、MRI、PET 和对齐好的 ROI mask 提取 PyRadiomics 特征。 不负责分割 ROI，也不处理病理全切片。

Bulk、遗传与其他组学

智能体 ID · 层级 主要用途 不适合
GEO Everything GEO-everything · Pro 搜索 GEO/SRA、解析元数据并下载 FASTQ 或附件。 下载后的 QC、DE 和注释要交给下游智能体。
Bulk RNA-seq Analyst bulk_rna_analyst · Community 从基因×样本表达矩阵做设计、DE、连续性状关联、富集和网络。 已算好结果表上的简单统计更适合表格智能体。
Bulk Epigenomics Analyst bulk_epigenomics_analyst · Pro bulk ATAC、ChIP、CUT&RUN、CUT&Tag 和甲基化分析。 不做 scATAC、Hi-C 或 RNA 表达。
Chromatin 3D Genome Analyst chromatin_3d_analyst · Pro bulk 或单细胞 Hi-C 的区室、TAD、loop 和接触结构。 不做 ATAC、ChIP 或 CUT&RUN。
Proteomics Analyst Pro proteomics_analyst_pro · Pro 质谱或 Olink 蛋白丰度的 QC、缺失处理、差异和富集。 单囊泡 EV 蛋白数据要用专门智能体。
Metabolomics Analyst Pro metabolomics_analyst_pro · Pro 代谢组、脂质组 peak 表的 QC、批次、统计、通路和 biomarker。 不处理 RNA 或蛋白表达矩阵。
Microbiome Analyst Pro microbiome_analyst_pro · Pro 16S、ITS、18S 扩增子的 ASV/OTU、多样性和差异丰度。 不支持 shotgun/WGS 宏基因组。
Immune Repertoire Analyst Pro immune_repertoire_analyst_pro · Pro TCR/BCR 的克隆、多样性、SHM、谱系和 TCR-GEX 联合分析。 不做普通 scRNA 表达分析。
Single-EV Proteomics Analyst Pro single_ev_analyst_pro · Pro 单个细胞外囊泡的蛋白 QC、亚群、共定位和差异。 不用于 bulk EV 汇总蛋白组。
Cancer Dependency Analyst cancer_dependency_analyst · Pro DepMap/CCLE 依赖、候选靶点和合成致死。 不做普通 RNA DE、突变频率或 GWAS。
Statistical Genetics Analyst statistical_genetics_analyst · Plus GWAS/eQTL、精细定位、共定位、MR、TWAS、LDSC 和 scDRS。 不做体细胞突变汇总或表达 DE。
Tabular Genomics Analyst tabular_genomics_analyst · Pro 在整理好的临床/组学表、结果表或 MAF 上做相关、交互、TMB 和突变聚合。 不从完整表达矩阵重新建模。
Survey Epidemiology Analyst survey_epidemiology_analyst · Plus NHANES、CHARLS 等复杂抽样调查的加权统计和模型。 普通表格、GWAS 和空间分析不适用。
Phase Separation Analyst phase_separation_analyst · Plus 分析 LLPS/凝聚体的 IDR、PLD、LCR 和预测结果。 不做分子动力学、3D 结构预测或单突变致病评分。

蛋白结构与实验设计

智能体 ID · 层级 主要用途 不适合
Structural Biologist structural_biologist · Plus 蛋白折叠、结构搜索、复合物预测和小分子对接。 从头 binder 或抗体工程要用对应专科。
Binder Designer binder_designer · Plus 从头设计 mini-protein、nanobody、antibody 或 peptide binder。 仅解读已有结构时先用 Structural Biologist。
Antibody Engineer antibody_engineer · Plus 已有抗体或 nanobody 的 CDR 重设计、人源化和亲和力优化。 不适合从零设计一般蛋白 binder。
Variant Analyst variant_analyst · Plus 评估蛋白氨基酸变异的致病性或 fitness。 不做 GWAS、体细胞突变频率或表达 DE。
NVIDIA BioNeMo NIM nvidia_bionemo_nim · Plus 明确要求 NVIDIA BioNeMo/NIM 时，调用或审计其结构、序列、对接与生成模型 API。 多步骤领域流程应交给对应专科智能体。
Phylogenomics Analyst phylogenomics_analyst · Plus 多序列比对、系统树质量、共变和 PhyKIT 指标。 不做单蛋白结构预测或表达组学。
Primer Design Assistant primer_design_assistant · Community qPCR、克隆引物、BLAST 特异性和密码子优化。 不做 CRISPR sgRNA、报价或湿实验验证。

交互查看器

这些智能体依赖当前会话或界面里已经加载的对象。

智能体 ID · 层级 主要用途 使用条件
Cell Viewer cell_viewer · Plus 实时控制 cellviz/UMAP，并查看当前 AnnData。 当前内核必须已经加载 AnnData。
Molecule Viewer molecule_viewer · Plus 用 PyMOL 命令控制当前 NGL 结构视图，并查看位点和界面。 当前会话必须已经加载 PDB/mmCIF 结构。
ImageJ imagej · Plus 在浏览器 ImageJ 中做滤波、阈值、颗粒、ROI 和图像栈操作。 不替代批量 Python 图像分析。

文献、写作与审查

智能体 ID · 层级 主要用途 不适合
Literature Free literature_free · Community 用免费来源检索文献、获取全文并核查撤稿。 不分析组学数据。
Literature Pro literature_pro · Pro 深入发现文献、追踪引用关系并建立全文语料。 只负责发现和挖掘，不直接完成组学分析。
Review Writer Pro review_writer_pro · Pro 完整完成综述的检索、筛选、证据表、研究空白和初稿。 不写单篇研究论文的 Results/Methods。
Scientific Writer scientific_writer · Community 把已有分析结果整理成稿件、文档、图或幻灯片。 不替代上游分析和证据核验。
Evidence Report Builder evidence_report_builder · Community 把文献或项目产物整理成带证据链的 HTML/PDF 报告。 不是原始数据分析入口。
Evidence Traceability Reviewer evidence_traceability_reviewer · Community 检查报告中的数字、图、表、脚本和引文能否追溯。 不判断科学结论本身是否正确。
Paper Critic paper_critic · Community 审查他人论文的代码、统计、复现路径和结构。 不是摘要器，也不是自己稿件的最终检查。
Quality Review quality_review · Community 对自己的成稿做逐节评分、一致性检查和 PASS/FAIL。 不负责从头写稿或评审他人代码。
Clinical Translator Free clinical_translator_free · Community 快速把 DEG 或候选基因对照临床基因、试验和药物标签。 不做深入可成药性、FAERS 或机制写作。
Clinical Translator Pro clinical_translator_pro · Pro 把 DEG、细胞类型、通路或变异转成机制、临床和治疗解读。 不是原始组学分析入口。
Deep Research deep_research · Pro 对开放问题做多源检索、交叉核验和带引用研究报告。 不执行单细胞、空间或 DEG 数据分析。
Humanize humanize · Community 初稿完成后调整文风，减少生硬和模板化表达。 不改事实和数据，也不生成分析结果。

系统审查

智能体 ID · 层级 作用 注意
Reviewer reviewer · Community 在分析回合后独立检查捏造、幻觉和偏离计划。 由系统自动使用，不应作为新分析任务的入口。

智能体目录会继续更新。实际使用时，界面中显示的名称、能力说明和锁定状态优先于本页。

返回：使用技巧。

results matching ""

    No results matching ""