分析操作案例与指南

本部分按分析类型整理操作案例。现有五篇教程属于“单细胞-上游分析”。“单细胞-下游分析”新增亚类注释前准备、细胞亚类注释、通路富集评分、基因调控网络、代谢分析、轨迹分析、3CA 元程序分析。其他方向陆续更新。

教程目录

• 单细胞-上游分析：数据整理、预处理、细胞类型注释、常规画图与简单差异表达，及画布中编辑图片。
• 单细胞-下游分析：从大类注释结果继续，按大类拆分 h5ad，完成谱系内亚类注释，学习通路富集评分、基因调控网络、代谢分析、轨迹分析和跨样本 3CA 元程序分析。
• Bulk 分析：按 Agent 整理教程；现有 iobrx 案例，用八次对话从 RNA 数据准备逐步完成肿瘤微环境分析与建模。
• CADD 分析：用中文对话完成数据整理、分子预测与筛选，得到候选名单、分析图和报告，并在分子查看器中检查结合姿势。十个案例带你学会提问、读结果和推进研究。
• 空间转录组分析：即将更新。

案例中的路径和运行标识已泛化。分析数字与图片来自对应真实运行记录，用于演示工作方法，不是可机械套用到所有数据的“标准答案”。