7. 变量检查器与数据查看

点左侧图标栏的 变量,进入 kernel 变量检查器——它把你 kernel 里的对象(AnnData、DataFrame、数组等)可视化出来。下图是跑完一段 pbmc3k 分析后的样子(共 26 个变量):

变量检查器:选中 adata 后打开 AnnData 嵌入图查看器

7.1 左栏:变量列表与内存

  • 顶部 Filter variables… 过滤框,可按名称或类型筛选,右侧显示匹配计数(如 26 / 26)。
  • 中间是变量列表,每项显示名称 + 类型标签,例如 adata(ANNDATA,(2698, 1865))、arr(NDARRAY)、fig(FIGURE)、fig_path(STR)等。kernel 还没跑过代码时这里显示 No kernel variables. Run code in the notebook to populate.
  • 底部 MEMORY 面板:kernel 进程内存(如 101 MB proc)、变量总字节(31.3 MB vars),以及 Top-N 最大变量的百分比条形图(如 adata 67.7%arr 18.5%),可刷新。

7.2 AnnData 嵌入图查看器

选中一个 AnnData 变量(如上图的 adata),右侧会出现交互式嵌入图查看器——上图中央就是按 Leiden 聚类着色的 UMAP:

  • 散点画布:Plotly 或 deck.gl WebGL 渲染,可在右下 RENDERER 切换(Plotly / WebGL / Auto,>20 万细胞自动转 WebGL)。
  • EMBEDDING:UMAP / tSNE / PCA 预设,或 CUSTOM 自定义 X / Y 轴。
  • COLOR BY:按 obs 列着色(如 leiden),或在 GENE 框搜索某个基因按表达量着色(带自动补全)。
  • PALETTE / CATEGORY PALETTE:连续(Viridis / Plasma)/ 分类(Auto / omicverse / tab10 / set1)。
  • SIZE / OPACITY 滑块、Density 密度切换、VMIN/VMAX + Apply。
  • LEGEND:分类色块(0–5 聚类)可点击高亮;连续值显示色条。
  • 顶部显示 2,698 cells × 1,865 genes 与数据状态徽章(raw / log1p / scaled);底部 Metadata 可展开看更多统计。

7.3 DataFrame 与通用对象

  • DataFrame:显示 shape 横幅(N 行 × M 列)、列类型表(dtype 标签)、首 100 / 末 50 行表格,空值显示为
  • 通用对象(MuData / SpatialData / ndarray / Tensor / Graph / list / dict / 标量):显示类型头 + key-value 网格,复杂对象回退到 repr
截图待补:DataFrame 查看器(shape 横幅 + 列类型 + 数据表)。

7.4 AnnData 工作台与产物预览

选中 AnnData 时还可用工作台快捷操作:cells / genes 统计、embeddings / obs / layers 标签,以及 UMAP / Cluster / DEG / QC 快捷分析按钮。生成的图可在产物预览里看到(含 MIME、大小、尺寸、路径等元数据)。

下一步:工作区文件与预览

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