05 · 对接姿势看起来合理，怎样真正检查它？
先把已知配体重新对接，再与晶体姿势比较，判断这套设置是否适合继续筛选。本节使用 2ITO/IRE（吉非替尼） 和 3POZ/03P（TAK-285）；2ITO 含 EGFR G719S 突变，两套受体条件不同，读结果时要分开看。
发什么提示词
新建对话，选择 CADD Workflow Runner。
发送：
请从 RCSB PDB 获取 EGFR 的 2ITO/IRE（吉非替尼）和 3POZ/03P（TAK-285）复合物，完成重对接和相互作用分析，比较预测姿势与晶体姿势。用 Molecule Viewer 展示口袋、关键距离和相互作用，报告 RMSD 与对接分数，并说明这套设置是否适合后续筛选。
结果出来后，可以追问：
2ITO 首位姿势偏差为什么偏大？请结合相互作用变化解释。
读懂结果
本次用 Vina 对接，每个体系保存 10 个姿势。晶体坐标用于确定口袋和比较结果；待对接配体从独立生成的三维构象开始。本次与原教程使用的软件和准备方法不同，具体设置见结果包。
1. 预测的姿势落进口袋了吗？
图 1｜从整体到局部，每行是一个独立案例。
这张图看什么： 青绿色是晶体配体，橙色是首位预测姿势，灰色是蛋白；每行是一个独立案例，先从整体看到局部。
看到什么： 两个案例的预测姿势都落在口袋中，但与晶体配体的重合程度不同。
补充说明
只凭肉眼看重合程度，不能判断偏差到底有多大。下一张图用重原子 RMSD 量化这种偏差；RMSD 越小，几何越接近。2. 首位姿势恢复得怎样？
图 2｜每根柱子对应一个实际保存的姿势，红色为首位；虚线只是常见几何参考线，不是对所有体系都适用的成功标准。
这张图看什么： 每根柱子对应一个实际保存的姿势，红色为首位；下表是这张图对应的量化结果。
| 本轮结果 | 2ITO / IRE | 3POZ / 03P |
|---|---|---|
| 比较的配体重原子数 | 31 | 38 |
| 实际保存的姿势数 | 10 | 10 |
| 首位姿势的对接分数 | −8.098 kcal/mol | −10.729 kcal/mol |
| 首位姿势相对晶体的 RMSD | 3.158 Å | 0.982 Å |
| 10 个姿势中的最小 RMSD | 3.158 Å，第 1 位 | 0.982 Å，第 1 位 |
看到什么： 本轮首位姿势恰好也是各自保存的 10 个姿势中最接近晶体的，但两个体系恢复质量不同：2ITO 首位 RMSD 为 3.158 Å，3POZ 为 0.982 Å。
补充说明
图中虚线只是几何参考，不是所有体系通用的成功标准。比较 RMSD 时保持受体坐标系，按化学图和对称性匹配原子，不能单独旋转配体去贴晶体答案；Vina 输出中“相对首位姿势的 RMSD”也不是这里的晶体参考 RMSD。3. 分数更负，姿势就更接近实验吗？
图 3｜在各自相同的准备后受体中比较三个分数。局部优化是另一次计算，晶体配体分别移动约 0.22、0.23 Å；小位移本身不证明原始姿势是评分函数的局部极小点。
这张图看什么： 三个分数在各自相同的准备后受体中比较：对接首位、原始晶体、局部优化晶体。
看到什么： 2ITO 首位姿势的 Vina 分数为 −8.098 kcal/mol，晶体姿势为 −6.854 kcal/mol：评分函数更偏好这次找到的另一种几何。
补充说明
同一设置下，分数越负通常越有利；但它不能替代实验亲和力，也不表示结合持续时间。这里的差异不能单独归因于采样、评分或结构准备中的某一步，更不能用两个体系的分数比较实验效力。4. 相互作用的数量对上了吗？
图 4｜相互作用数量按类别分别统计。配体身份经过核验，计数差异仍需结合位姿、化学感知与准备条件解释。
这张图看什么： PLIP 根据化学角色、距离和角度识别相互作用；这张图把晶体与对接姿势的相互作用按类别分别统计。
看到什么： 2ITO 的晶体姿势报告了 Asp800 盐桥，首位预测姿势未报告；3POZ 的氢键数量都为 2 个，但伙伴可能不同。
补充说明
本次保留与去除晶体水的参考结构均未报告水桥，只说明这些准备条件下的结果，不能推出水对结合不重要。5. 相互作用发生在同一个位置吗？
图 5｜每列对应一个案例与姿势，每行对应一个残基。相同计数可以来自不同伙伴。
这张图看什么： 每列对应一个案例与姿势，每行对应一个残基；相同的计数可能来自不同残基，要核查具体位置与几何。
看到什么：
| 值得观察的位置 | 晶体姿势 | 本轮首位对接姿势 | 怎样理解 |
|---|---|---|---|
| 2ITO：Met793 主链 N 与配体受体 N | 2.92 Å | 3.08 Å | 两个姿势都保留了这个铰链区氢键。 |
| 2ITO：Asp800 与配体胺基 | PLIP 报告盐桥 | 未报告盐桥 | 局部锚点相近，分子的另一端仍可能偏离。 |
| 3POZ：Met793 主链 N 与配体受体 N | 2.96 Å | 3.10 Å | 首位姿势保留了这一相互作用。 |
| 3POZ：配体羟基的另一处氢键 | 与 Asn842，3.55 Å | 与 Asp855，3.86 Å | 即使整体 RMSD 小，相互作用伙伴也可能改变。 |
表中氢键距离指供体与受体重原子间距，判定还使用角度。
补充说明
原教程的 03P 位点记录了 5 个疏水接触、1 个氢键、3 个卤键；本次准备后重算为 5、2、3，多识别 Asn842 氢键。运行与准备条件不同，不能确定为单一因素造成。6. 怎样在 Molecule Viewer 里亲手核对？
图 6｜Omicos 分子查看器中的结合口袋。隐藏整体蛋白和多余标签后，更容易看清两种配体姿势。
这张图看什么： Agent 已在 Molecule Viewer 中加载 2ITO 蛋白、晶体 IRE 和首位预测配体；这张图就是查看器中的结合口袋。
看到什么： 自己动手做三步，核实两种姿势：
- 隐藏整体蛋白的 cartoon（丝带表示）和多余标签，保留口袋附近残基。
- 一次只显示一条距离：先看 Met793 与晶体配体，再换到预测配体。
- 旋转视角，沿配体查看另一端的 Asp800，比较两个姿势的接触变化。
这张截图用来核对查看器是否还在正确显示最新结果；一处接触相近不代表整体姿势正确，下一小节专门说明这一点。
7. 一个氢键相近，整体姿势就对了吗？
图 7｜同一口袋的截图对照：左侧标出晶体配体的 2.92 Å，右侧标出预测配体的 3.08 Å。
这张图看什么： 同一口袋的截图对照：左侧晶体配体标出 2.92 Å，右侧预测配体标出 3.08 Å。
看到什么： Met793 附近的距离只有 2.92 Å 与 3.08 Å，配体另一端却明显分开。
补充说明
保留局部氢键，不代表整个姿势正确。Met793 附近距离相近，2ITO 整体 RMSD 仍为 **3.158 Å**：判断姿势要看整体几何，不能只看一个相互作用。下一步
继续第六节：怎样把前面的步骤连成一次候选筛选？，把结构、性质和对接连接起来，整理候选短名单。去之前可以先发一句追问，把本节结果收拢：
把 2ITO 和 3POZ 的首位姿势、RMSD、分数和相互作用差异整理成一页对照，说明这套设置能不能用于下一节筛选。
下载本节完整结果包，解压后先打开 readable-report.html。
| 想检查什么 | 打开哪个文件 |
|---|---|
| 用了哪个结构，准备时发生了什么变化 | inputs/、outputs/ 中的受体和配体文件 |
| 每一个结论对应哪些原子、姿势或记录 | outputs/ 中的 SDF、表格和 PLIP XML |
| 能否从表中的数值读懂图，并重新绘制 | figures/ |
| 怎样在相同环境中重跑本节分析 | scripts/ 与 run_module05.sh |
| 怎样串起各项结果与结论 | readable-report.html |
原始教学内容：T015 · 对接、T016 · 相互作用、T017 · 交互查看。结构与原始文献见 RCSB 2ITO、RCSB 3POZ。继续读原始研究，可参考 Yun 等，Cancer Cell，2007 与 Aertgeerts 等，JBC，2011；本节仅分析其中对应的公开结构，不重新验证这些论文的生物学结论。
返回指南首页。